মসজিদ মিশন একাডেমী রাজশাহীর কুরআনের আয়াত সম্বলিত মনোগ্রাম পরিবর্তনের উদ্যোগ নেয় হচ্ছে। অভিযোগ উঠেছে সংশ্লিষ্ট কর্তৃপক্ষের সাথে আলোচনা না করেই এ উদ্যোগ হচ্ছে। আর   প্রশাসনকে একাজে কৌশলে ব্যবহারের অভিযোগ তুলেছে বাংলাদেশ মসজিদ মিশন রাজশাহী জিলা শাখা। 

বাংলাদেশ মসজিদ মিশন রাজশাহী জিলা শাখা সেক্রেটারী মাওলানা মো: ইয়াহিয়া সাক্ষরিত এক প্রতিবাদ লিপিতে উল্লেখ করা হয়, মসজিদ মিশন একাডেমী রাজশাহী পুরোপুরি বাংলাদেশ মসজিদ মিশন, রাজশাহী জিলা শাখা কর্তৃক পরিচালিত একটি শিক্ষা প্রতিষ্ঠান।

এ শিক্ষা প্রতিষ্ঠানটির ইতিহাস-ঐতিহ্য ও আদর্শকে ভুলন্ঠিত করার লক্ষ্যে একটি কুচক্রী মহল গভীর ষড়যন্ত্রে লিপ্ত রয়েছে। এরই অংশ হিসেবে আমরা লক্ষ্য করছি যে, বিভিন্ন সময় একাডেমীর বিভিন্ন  জালিয়াতিসহ অনৈতিক কাজের সুষ্ঠু তদন্ত ও বিচারের ব্যবস্থা করা হয়নি। অথচ বর্তমানে হাইকোর্টের নির্দেশনা অনুসারে মসজিদ মিশন একাডেমী রাজশাহীর গভর্নিং বডির কার্যক্রম স্থগিত থাকা সত্বেও সংশ্লিষ্ট কর্তৃপক্ষের সিদ্ধান্ত ছাড়াই একাডেমীর কুরআনের আয়াত সম্বলিত মনোগ্রম পরিবর্তনের উদ্যোগ গ্রহণ করা হয়েছে যা নিয়ম বর্হি:ভূত এবং অনৈতিক।

প্রতিবাদ লিপিতে আরও উল্লেখ করা হয়, যদি মনোগ্রাম পরিবর্তন করতেই হয়, তবে তা প্রতিষ্ঠান সংশ্লিষ্ট বিভিন্ন মহলের সুচিন্তিত পরামর্শে ও নিয়মতান্ত্রিক উপায়ে তা করা যেতে পারে, সে ক্ষেত্রে কারোই কোনো আপত্তি থাকবে না।তারা এ ধরনের আইন বর্হিভূত পদক্ষেপ বন্ধ করার জন্য সংশ্লিষ্ট কর্তৃপক্ষের দৃষ্টি আকর্ষণ করেন।

এ বিষয়ে মসজিদ মিশন একাডেমীর অধ্যক্ষ মো. নুরুজ্জামান খান এর সাথে মোবাইল নম্বর  01716288206-এ যোগাযোগ করা হলেও তিনি তা রিসিভ হয়নি।